معنی مشهور «آیا» همان ادات پرسش معروف است، امّا احیاناً در متون قدیم با معانی دیگری از آن روبه رو می‌شویم که ذیلاً به تعدادی از آن‌ها اشاره می‌شود:
الف) حسرت و افسوس؛ چنان‌که در این بیت سعدی آمده است:
گفتم آیا که در این درد بخواهم مردن
که محال است که حاصل کنم این درمان را
با اندک تأمّلی در بیت دانسته می‌شود که هیچ پرسشی، نه حقیقی و نه مجازی، در آن وجود ندارد و تنها چیزی که از آیا دانسته می‌شود، دریغ و حسرت و افسوس است.(برگ نیسی، غزلیّات سعدی، ص53)
سعدی در این حکایت نیز آیا را در همین مفهوم آورده است:
یکی متّفق بود بر منکَری
گذر کرد بر وی نکومحضری
نشست از خجالت عرق‌کرده‌روی
که آیا خجل گشتم از شیخ کوی!
شنید این سخن پیر روشن‌روان
بر او بربشورید و گفت ای جوان
نیاید همی شرمت از خویشتن
که حق حاضر و شرم داری ز من؟
قطعاً در سخن مردی که از شیخ کوی شرمنده شده هیچ پرسشی وجود ندارد و او با تعبیر «آیا خجل گشتم...» فقط از افسوس خویش از شرمساری در برابر شیخ نکومحضر خبر می‌دهد.
این معنی آیا گویا تحوّل‌یافتۀ قید «آی» است. آی که در برخی متون به صورت «ای» هم ضبط شده، در متون کهن اسم صوتی بوده است برای بیان حسرت و افسوس. به عنوان مثال رابعه دختر کعب سروده است:
کاشک من از تو برستمی به سلامت
آی فسوسا کجا توانم رستن؟!
این مفهوم تحسّر و افسوس گویا تا روزگار مولّف صحاح‌الفرس هم از آیا دریافت می‌شده که در تعریف آن نوشته است:
« کلمه‌ای است که نومیدان گویند بر طریق استخبار و استفهام تا معلوم شود که مطلوب به حصول خواهد رسید یا نه؟»
البتّه چنانچه از شواهد سخن سعدی پیدا بود دلالت آیا بر افسوس و حسرت بدون استفهام و استخبار نیز صورت می‌گرفته است.
و آیا از آیا در این بیت دیگر سعدی چیز دیگری جز همان حسرت و دریغ دریافت می‌شود:
آیا که به لب رسید جانم
آوخ که ز دست شد عنانم!
ب) در معنی «آوخ» و بیان شگفتی یا تأکید معنی شرط؛ مثل این بیت انوری:
چاکر او باش آیا گر میسّر گرددت
بس خداوندی که بر اقران کنی زآن چاکری!
یعنی اگر بندۀ این ممدوح شوی آوخ که چه خداوندی‌ها در آن چاکری نصیب تو خواهد شد! بدیهی است که در بیت هم هیچ مفهومی از استفهام وجود ندارد و اگر مفهومی برای آیا قایل شویم چیزی جز مفهوم آوخ برای بیان شگفتی یا تأکید شرط جمله نخواهد بود.
ج) قید شک؛ چنان‌که خاقانی سروده است:
آباد بر آن شب که شب وصلت ما بود
آیا که نه شب بود که تاریخ بقا بود
یعنی: گویا آن شب وصال شب نبود...
هیچ‌یک از معانی یادشدۀ آیا در فرهنگ‌های لغت نیامده است.
سروده ها و یادداشتهای